Feodor Lynen sinh tại München, Đức. Ông bắt đầu học hóa học ở Phân khoa Hóa học của Đại học München năm 1930 và đậu bằng tiến sĩ trong tháng 3 năm 1937 dưới sự hướng dẫn của Heinrich Wieland với bản luận án tên: "On the Toxic Substances in Amanita".

Sau đó ông làm giảng viên ở đại học này nhiều năm, và trở thành giáo sư năm 1947. Từ năm 1954 trở đi, ông làm giám đốc "Viện Hóa học Tế bào Max-Planck" ở München. Viện này sau đó sáp nhập vào Viện Hóa sinh Max-Planck mới thành lập năm 1972.

Năm 1964 ông đoạt giải Nobel Sinh lý và Y khoa chung với Konrad Bloch cho công trình phát hiện của họ về cơ chế và sự điều chỉnh cholesterol cùng việc trao đổi chất axít béo.[1][2][3][4] Ông đọc diễn văn nhận giải Nobel ngày 11.12.1964 mang tên "The Pathway from Activated Acetic Acid to the Terpenes and Fatty Acids".